概要
- Biomni は多様な生物医学分野に対応した汎用AIエージェント
- LLM推論・検索拡張型プランニング・コード実行機能による研究支援
- 環境構築は setup.sh スクリプトで一括設定
- コミュニティ貢献 を積極的に募集、次世代環境Biomni-E2も開発中
- Webインターフェースやチュートリアルも順次公開予定
Biomni：汎用生物医学AIエージェント概要
- Biomni は生物医学分野の幅広い研究タスクを自律的に実行可能なAIエージェント
- 最先端LLM推論 ・検索拡張型プランニング・コードベース実行の統合
- 科学者の研究生産性向上と実験仮説の創出支援
- 多様な生物医学サブフィールド対応
クイックスタート・インストール手順
- 環境構築は setup.sh スクリプトで一括実行
- 環境有効化：
conda activate biomni_e1 - 最新Biomniパッケージのインストール：
pip install biomni --upgrade - GitHubソースからのインストールも可能
- APIキー の設定（~/.bashrc等で下記エクスポート）
export ANTHROPIC_API_KEY="YOUR_API_KEY"export OPENAI_API_KEY="YOUR_API_KEY"（Claudeのみ利用時は省略可）
基本的な使い方
- 環境内でPythonからBiomniエージェントを利用
- 初回実行時にデータレイク自動ダウンロード（約11GB）
- エージェント初期化例：
from biomni.agent import A1agent = A1(path='./data', llm='claude-sonnet-4-20250514')
- 自然言語で生物医学タスクを実行
- 例：「CRISPRスクリーニング計画」「scRNA-seqアノテーション」「化合物ADMET予測」など
コミュニティ貢献の募集
- Biomniはオープンサイエンスイニシアティブ
- 貢献歓迎項目
- 新規ツール・解析アルゴリズム
- 生物医学データセット・知識ベース
- 既存ソフトウェアパッケージの統合
- ベンチマーク・評価指標
- チュートリアル・事例集
- 既存ツールの最適化・修正
- Contributing Guide 参照で詳細確認
- ツールやデータベース追加提案も専用フォームで受付
Biomni-E2開発と貢献者募集
- Biomni-E1は生物医学AIの可能性の一端のみを実現
- Biomni-E2 はコミュニティ主導で次世代環境を構築中
- 標準生物医学アクションの共有ライブラリ策定が目標
- 10件以上の重要ツール貢献者は論文共著に招待
- すべての貢献者を出版物で謝辞表記
- コミュニティでの共同開発推進
チュートリアル・事例紹介
- Biomni 101 ：基本概念・初歩的な使い方ガイド
- 今後もチュートリアル・事例を順次公開予定
Webインターフェース
- biomni.stanford.edu でノーコードWebインターフェースを提供
- 誰でも簡単にBiomniを体験可能
リリース・スケジュール
- 8種の実研究タスクベンチマーク・リーダーボード公開
- Biomni貢献方法チュートリアル
- ベースラインエージェント利用ガイド
- Biomni A1+E1リリース
注意事項
- 本リリースは 2025年4月15日時点でフリーズ されたバージョン
- Biomni本体は Apache 2.0ライセンス、一部統合ツールやデータベースは商用利用制限あり
- 商用利用前に各コンポーネントのライセンス確認が必要
論文引用情報
- @article{huang2025biomni, title={Biomni: A General-Purpose Biomedical AI Agent}, author={Huang, Kexin and Zhang, Serena and Wang, Hanchen and Qu, Yuanhao and Lu, Yingzhou and Roohani, Yusuf and Li, Ryan and Qiu, Lin and Zhang, Junze and Di, Yin and others}, journal={bioRxiv}, pages={2025--05}, year={2025}, publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}